Ha sido internacional con la Selección de fútbol de Inglaterra en 48 ocasiones y ha marcado 19 goles. Debutó en la selección el 12 de febrero de 2003 en un encuentro amistoso ante la Selección de Australia.

Fue convocado para participar en la Eurocopa 2004, en la cual disputó los tres encuentros de la primera fase de titular y anotó cuatro goles, en los cuartos de final Inglaterra se enfrentó a Portugal y aunque Rooney inició el encuentro como titular sería sustituido por Darius Vassell en el minuto 27 debido a una lesión sufrida en el quinto metatarsiano del pie derecho, después de un choque con el defensa portugués Jorge Andrade.

Rooney fue duda para disputar el Mundial de 2006 a raíz de una lesión sufrida en su pie en abril de 2006 en un encuentro ante el Chelsea por la Premier League, sin embargo el técnico Sven-Göran Eriksson optó por convocar a Rooney quien aceleró su recuperación mediante el uso de una cámara de oxígeno.

En el mundial Rooney solo disputó dos encuentro de la primera fase, el primero ingresando en sustitución de Michael Owen ante Trinidad y Tobago y el segundo ante la Selección de Suecia. Rooney fue expulsado en el encuentro de cuartos de fina ante Portugal, después de darle un pisotón en la entrepierna al defensa Ricardo Carvalho.

Tras este hecho, Cristiano Ronaldo corrió hacia el árbitro para quejarse por la acción. Posteriormente, cuando Rooney recibió la tarjeta roja, las cámaras grabaron a Ronaldo guiñando un ojo al banquillo de Portugal, provocando la ira de los aficionados y dirigentes del Manchester United.